富山市新産業支援センターは、施設の運営方針を策定する富山市、事業計画評価や入居審査を行う「富山市新産業評価委員会」、そして管理・運営を行う富山大学によって運営しています。
運営体制（指定管理者 国立大学法人富山大学）
構成 学識経験のある者、関係行政機関の職員、産業支援機関の職員及び商工業者を代表するもので、特に、技術、経営などに精通している者15人以内
任期 2年
※富山市新産業支援センターは、平成21年4月1日より、指定管理者制度を導入し、国立大学法人富山大学が管理・運営を行っています。